Patrick Munk

Background

About Patrick Munk

Fang mig på pmun@dtu.dk eller 28 51 32 88 Mikrobiolog med 11+ års erfaring med forskning indenfor antibiotikaresistens, bakteriers genomer, mikrobiomer, genetisk epidemiologi og spildevandsovervågning. Bakterier har, udover deres egne genomer, en masse ikke-levende, genetiske parasitter: virus og såkaldte plasmider. Gener hopper mellem genomer og parasitter og findes således både i “levende” og “døde” konstellationer. Jeg forsker i hvordan bakteriers sex og andre mekanismer får gener til at flyde globalt, ender op i mennesker, i andre dyr og i miljøet. Nogle af disse gener kan give bakterier antibiotikaresistens, og gør at infektioner ikke kan behandles. Sådan slår antibiotikaresistens over 1 millioner mennesker ihjel om året. I min forskning bruger jeg værktøjer som metagenomsekvensering, supercomputing og bioinformatik. Jeg opfinder, designer, og implementerer workflows til at kæde algoritmer og scripts sammen så store mængder genetisk data kan analyseres på tværs af mange computere. Nogle analyser kan tage måneder og være meget dyre, hvorfor jeg samarbejder med specialiserede computervidenskabsfolk omkring hardware-acceleration inden for bioinformatik. Når råt genomisk data er processeret, ser jeg altid frem til det detaljerede videre arbejde med de bioinformatiske resultater: data science, scripting, eksplorativ data-analyse, statistiske sammenhænge og visualiseringer der finder vigtige pointer frem og gør dem forståelige. For mig er sproget R en slags linse som meget i verden skal ses igennem for at give mening. Det er en linse jeg har brugt over halvdelen af mit liv og bruger lige så mange dage som mine briller. En del tid bruger jeg på at formidle min viden: også til andre end fagfæller. I Det Unge Akademi arbejder jeg med dygtige kollegaer i Formidlingsudvalget. Forskningens Døgn’s ‘Bestil en Forsker’, science fairs og artikler på fx videnskab.dk gør jeg også brug af. Jeg er kursusansvarlig på et DTU MSc kursus og har undervist på mange kurser og workshops, i bl.a. Danmark, Holland, Norge, Frankrig og i Estland, for både MSc-studerende, ph.d-studerende og faglærte. At udvikle nye øvelser og materialer der kan aktivere studerende gør jeg en stor dyd ud af. Desuden vejleder jeg både BSc, MSc og ph.d. studerende, både med projekter udtænkt af mig, dem selv eller andre med gode idéer.